假说演绎推理与溯因推理既有联系又有区别。
假说演绎推理是在溯因推理的基础上进行的。通过溯因推理，在已知的事实E和科学原理（如果H，那么E）的基础上推测出结论（假说）H以后，如何确定这个假说（结论）的可靠性呢？这就需要从假说H得到确证。因此，溯因推理是一种发现（假说）的方法，假说演绎推理则是一种验证（假说）的方法。
案例 胰岛素的发现
糖尿病曾是困扰人类健康的顽疾之一，历史上曾因没能找到它的形成机理而无法根治这一顽疾。1898年，缅科夫斯基和梅林在一个偶然的机会发现：如果把狗的胰腺切除，狗就会患上糖尿病。他们的发现被记录在当时有名的医学杂志上，但是没有立即引起他们自己和科学界的充分重视。
几年之后，加拿大医生班亭看到了该医学杂志上的这则记录，他立刻展开了深入的思考：为什么被切除胰腺的狗会患糖尿病？是不是因为腺胰里有某种物质能够控制人和动物的血液中糖的含量？这种物质是什么？将这种物质的提取液注射到患糖尿病动物身上会不会改善它们的病况？
班亭用十只狗进行试验，他把狗的胰腺摘下、捣碎，将提取液注射给患有糖尿病的狗。结果，患病狗的血液中含糖量迅速降低，病况很快得到改善。他又用牛做试验，得到了同样的结果。这样，班亭发现了胰腺里控制血糖含量的物质—胰岛素，这一医学上的重大发现给人类健康带来了福音。
分析：
一方面，班亭首先运用了溯因推理，以“胰腺被切除的狗会患糠尿病”这一现象为依据，探索了“糖尿病”和“胰腺切除”之间的因果关系。另一方面，他又运用了假说演绎法。首先，他提出了一个科学假说：胰腺内存在着能够控制血液中糖含量的物质。其次，为了证实这一假说，他运用了演绎推理：如果将胰腺的提取液注射到患糠尿病动物身上，它们的血液中含糖量会发生改变。接着，通过在狗和牛身上进行的试验，得知患病动物注射提取液后血糖含量迅速下降，证实了他的科学假说。
