对科学实在论的第二个著名的辩护是卡特赖特的因果解释推理和哈金的实验实践论证。
南希·卡特赖特（Nancy Cartwright，又译南茜·卡特莱特）认为，最佳解释推理是使我们可相信能最佳地解释现象的理论，它所谈到的不可观察的理论实体的存在是真实的，但并不表明这个理论有关这个实体所说的一切都是真的，但是至少有一点是真的，就是这些不可观察的理论实体的因果作用是真实的。
例如说在密封容器中的温度提高会使其中的气体对容壁的压力增大是没有意义的，除非你承认这些不可观察的气体分子存在及其撞击容壁的因果行为是真实的。科学家可以同时承认解释同样的经验规律的各种不相容的理论，说它们可以用于不同的实验场合，但科学家不会同时承认对同一现象的不相容的因果解释。所以对于同一现象只有一种因果解释是真实的，我们可以不接受最佳解释的推理，但我们必须接受那最佳解释的理论中所说到的最有可能的原因。
卡特赖特说：“我相信理论实体，但不相信理论定律。通常当我试图去解释我有关理论定律的观点时，我遇到标准的实在论者的回答：‘如果这定律不是真的，它怎样能够解释（问题）呢？’范弗拉森和迪昂教我们反驳道：‘如果它是真的，它怎样被解释呢？’是什么保证了这个解释是真的呢？我认为，当我们用一个定律来解释另一个定律的时候，是不能对这个问题做出合理的回答的。但当我们提出理论实体时，情况就不相同。这个理由是因果的，接受一个解释就是承诺它的原因。……如果云雾室里没有电子，我就不能知道为什么有轨迹线。”“我们对理论实体的信念一般地是从具体的结果到具体的原因的推理的基础上形成的。这里就是对范弗拉森和迪昂问题的一个回答。运用理论实体进行解释的特殊之处就在于它是因果解释，而存在就是因果链的一个内在性质。这与理论定律毫无类似之处。”
可见她对于最佳解释的推理做了一个分析，认为在最佳解释推理中，只有因果解释能保护，不是什么别的东西而只是理论实体具有客观实在性。所以我们可以称它为理论实体的因果实在论。
哈金提出另一个进路，即我们不应集中注意科学理论所提出的理论实体及其因果作用，我们必须集中注意科学实验中的实验活动。他说，我们不能“被锁在一个表达世界中”，一个“旁观者”而不是参与者的世界中，“只有在实验实践（experimental Practice）的层次上，科学实在论才是不可避免的”。
所谓实验的实践就是创生新的现象，创生那种在自然界中并不存在的或转瞬即逝的现象，使那些“效应”或“事件”得以发生。我们之所以相信宏观对象的实在性，因为在实验实践中，它以它的因果力作用于我们，而我们用我们的仪器干预操控了它们。同样，对于微观世界，“我们使用不可观察实体的能力使我们相信它们在那里” 。
例如，对于电子，当密立根测量它的电荷时，我们可以不相信它真实存在，当我们发现了电子，我们也可以怀疑它的存在。但是，当我们制造了自旋电子枪PEGGYⅡ，操控电子，利用电子的因果力去干预自然现象时，我们就确信它的存在。“如果你能操控它们，它们必须存在。”
这使我们想起笛卡儿“我思故我在”的逻辑，我拿起电子枪，我可以怀疑一切，怀疑我们关于电子的理论、我们关于电子各种属性的理论论述，但有一点我不怀疑，就是我操控着电子，我操控了电子的因果力，使我熟悉了通过电子显微镜去观察微粒的技巧。所以我相信我看到的东西。我通过电子枪干预了世界，创造了微观世界的新结构。
所以，我深信电子和它的明确的、稳定的因果力是存在的。这和卡特赖特一样，讲的是通过实验操控来确信实体的存在。这是一种实体实在论而不是科学理论的实在论。哈金的优点和缺点都体现在这里。哈金对实体及其因果力的存在做了一个有力的论证，但对于整个科学的理论和实践来说它只是部分的实在论（Local Realism），它未能说明科学理论及其规律何以是近似正确的。
他脱离了科学理论进行实体实在的论证，那他怎能知道他所操控着的实体是与某个科学理论框架下的理论词或理论术语相对应的呢，或它是某个理论词所指称的而不是别的东西呢？他还是要依靠某个理论对实体行径的某种诠释，而这个理论对于理论实体及其特征的种种描述是正确地反映了客体世界吗？为要解决这个问题，归根结底还要依靠科学理论的实在性即它的最佳解释的推理和无奇迹论证。
实体实在论可以看作最佳解释推理或无奇迹论证的一个特例，但它却是一个最为有力的特例。于是问题又回到了起点，不过对于这个起点我们还得仔细推敲，这就有必要看看科学的反实在论是怎样回应科学实在论的。
