蔡元培是现代中国伟大的教育家，在哲学上亦颇有造诣，提出了一些很有影响力的说法，其中最为重要的是“以美育代宗教”的观念。蔡元培认为，精神安顿不是知识的问题，而是审美的问题、欣赏的问题，他提出可以用美育来代替宗教，对人的心性性情加以教化，使人具有一个审美的健全的人格。蔡元培的思想，一方面与传统士大夫对于审美和陶冶性情的追求相关；另一方面也受德国哲学尤其是席勒思想的影响。
“五四”之后，由于经历了对传统的激烈批判，以及西方思想的冲击，传统的价值观念逐渐变得衰弱、渐渐失去人心。在西方文化，特别是以科学为主体的西方文化的影响之下，信仰成为一个值得讨论的问题。在传统中国，信仰不是一个特别难以解决的问题，儒家为知识分子提供了确定性。随着传统儒家思想在社会上逐渐丧失权威，信仰问题变得难以解决。而在这个时候，西方文化，特别是以基督教为主体的现代西方文化，一方面刺激了现代中国思想的形成，另一方面也在暗示只有宗教才能够凝聚社会人心。前有康有为的儒教运动，后有基督教的传教活动，这使得当时的知识分子对于宗教特别抵触。抵触的原因，一是基于科学的理由，认为宗教就是迷信；二是基于价值观念的分歧，因为西方的宗教试图渗入中国，1922年知识分子发起了非基督教运动，就是出于对宗教价值观念的否定，蔡元培就是非基督教运动的支持者之一。
抵触宗教的两个原因，分属两个不同的层面。有些知识分子认为，科学可以抵御宗教，甚至可以消灭宗教；有些知识分子认为，宗教要解决的是精神安顿的问题，这个问题非常重要，科学并不能够解决。蔡元培的观点介于这两者之间。蔡元培认为“宗教之原始，不外因吾人精神之作用构成。吾人精神上之作用，普通分为三种：一曰智识；二曰意志；三曰感情”。意思是宗教的形成源于人类精神之需要。蔡元培认为在人类未开化时代，宗教常兼有知识、意志和感情三种作用，或者说此三者“附丽于宗教”。知识附丽于宗教，因为宗教能够系统地提供关于整个世界的理论说辞。意志附丽于宗教，因为宗教导人向善，通过神律确定自我与他人、自我与社会的规则，人通过宗教的规训而合乎道德地行动。情感附丽于宗教，是指历史上那些能够给人以审美享受的礼乐诗画等艺术往往是“宗教家利用之以为诱人信仰之方法”。随着科学发展，社会进步，“知识、意志两作用，既皆脱离宗教以外，于是宗教所最有密切关系者，惟有情感作用，即所谓美感”。不过，“美术之进化史，实亦有脱离宗教之趋势”。
蔡元培发现人类审美情感所需要的满足，在历史上是由宗教主宰的，但宗教一方面注重对人的感性欲望的约束，“昔之宗教家，常有背快乐而就刻苦者，适足以戕贼心情”，是违反人性的；另一方面任何宗教都是排他性的，不仅宗教之间相互对立，就是同一宗教内的各个教派也是互争短长，甚至产生“新旧教之战”，这也是违反人道主义的。因此“美育之附丽于宗教者，常受宗教之累，失其陶养之作用，而转以激刺感情”。这个感情显然指的是那种排他性的偏激之情。
因此他提出了“以美育代宗教”的主张。他说：“鉴激刺感情之弊，而专尚陶养感情之术，则莫如舍宗教而易以纯粹之美育。纯粹之美育，所以陶养吾人之感情，使有高尚纯洁之习惯，而是人我之见、利己损人之思念，以渐消沮者也。”因为美育的目的是追求普遍性的“美”，它是无功利性的：美为普遍性，决无人我差别之见能参入其中，亦决无利害之关系能参入其中。因此，美育能够“去利害得失之计较，则其所以陶养性灵，使之日进于高尚者”。
