从总体上看，古希腊自然哲学与古代中国自然哲学对于自然的认识都具有整体性、流变性、臆测思辨性和直观性等共同特点，但是，古希腊自然哲学与古代中国自然哲学还是有其鲜明差异的。
生存于土地贫瘠、地形险恶，周围被海洋所包围的巴尔干半岛上的古希腊先民，只能以手工业和海外贸易为自己的主要谋生方式。这种特定的谋生方式一方面要求古希腊人对自己加工的自然对象有准确把握，要求他们对日月星象、气流海潮等自然现象有精确知识，另一方面也使古希腊人对外界新事物敏感好奇，愿意标新立异，使他们形成某种“人类可以掌握万物运行内在规律”的信念，以及大胆探索这种万物运动规律的勇气。因此，和古代中国自然哲学相比，古希腊哲学自然哲学家更强调的是人的思维的“至上性”，他们坚信人类可以超越“人目”感知局限，把握实在世界背后的超感知的逻各斯或理念世界。这种“神目化”的自然哲学传统不仅使欧洲人对探索自然界的本质和规律始终充满激情，也为近现代自然科学的产生和发展提供了重要的哲学支持。
中国位于资源优越却与世隔绝的东亚地理环境中。绵延千里的华北大平原四季分明，热量充沛，大河送来灌溉，季风带来降雨，从而使中国人成为典型的农耕民族。但相对封闭、一统的自然环境和农耕生存活动的实践不仅使中国人的自然知识主要局限于关于自然万物外在现象的模糊经验，缺乏严密的逻辑分析和把握，而且使中国人对精准把握万物背后的本质规律缺乏兴趣和勇气。因此，和古希腊自然哲学相比，中国古代哲学家们虽然更重视自然界的浑然一体性和连续过程性，但是也更强调人的思维的“不至上性”，更强调“人目”对人类认识自然本质和规律的限制。这种囿于“人目”的自然哲学传统，是此后中国哲学“重人事、轻自然”、“重玄思，轻逻辑”的重要原因，也是以实验观察和逻辑分析相结合为特征的近现代自然科学未能在中国独立产生的重要原因。
