形而上学思维方式的形成和发展
从世界范围内有影响的近代科学来说，其科学研究的特点是，实验、观察的方法被广泛运用，实验与抽象并具形而上学特色的科学思维方式开始形成和发展。
16、17世纪，实验与观察基础上的经验科学不断取得辉煌成果。
1543年，波兰天文学家哥白尼根据实际观测提出了“日心说”，推翻了古代托勒密靠推算得出的“地心说”。开普勒在第谷•布拉赫的大量天文观测数据基础上，发现了行星运动三定律，进一步发展了哥白尼的天体学说。同年，荷兰人维萨留斯在对人体进行解剖实验的基础上，发表了《论人体构造》一书，纠正了以前对人体的许多错误观点。还有，著名的自然科学家、画家达 •芬奇利用实验方法研究了栋梁所能承受的重量与栋梁粗细和长度的关系。
17世纪，意大利物理学家、天文学家伽利略在比萨斜塔上进行了著名的自由落体实验，推翻了统治物理科学界1000多年被奉为物理学界权威的亚里士多德提出的“重的物体先落地”观点，建立了自由落体定律。他还进一步发展了刻卜勒等人的成果，发现了万有引力定律，在光学、天文学、数学等方面都取得了杰出的成就。
在这个时期，我国的明朝也出现了早期资本主义萌芽，出现了一些运用实验方法的范例。例如，明代医药学家李时珍在大量观察实践的基础上写出了长达52卷的医药学名著《本草纲目》，纠正了《黄帝内经》中的错误，同时，提出了“脑为元神之府”的见解，认为人的大脑有思维功能。
14世纪末到17世纪，科学大大地向前发展，证明了实验方法、观察方法的有效性和巨大威力。而所有取得的科学成就，都包含着近代科学思维方法的特点。
形而上学思维方式的局限性
近代科学形而上学的研究方法在历史上发挥过积极作用，被恩格斯称为近代“400年来在认识自然界方面获得巨大进展的基本条件”。
近代科学思维方法是机械的、形而上学的，其弊端与当时科学方法的局限性紧密连接在一起。当时，人们都用分割和力学的观点来看问题，认为“动者恒动，静者恒静”。比如，笛卡尔把动物看作机器，法国的拉美特利则把人看作机器，普遍认为“动者恒动，静者恒静”，世界没有发展。当科学家进一步深入研究时，这种思维方法就成为一大障碍。再如，牛顿对于时间、空间的解释，就是永恒不变的观点。
