相对于古代朴素自然观的直观性、思辨性和猜测性，机械论自然观显然有其进步性。
其一，它不再用自然以外的力量和存在，而是用自然本身的结构和状态来解释自然。
其二，它反对抽象思辨，强调经验和实证的方法，主张用分析还原的方法去研究对象，从而使人们对自然的细节认识更加清晰，对事物的内部了解更加准确。
其三，和一个复杂的多变的自然相比，一个机械的自然显然更容易理解、更容易预测，也更容易改造和控制，因此，机械自然观能极大提升人们认识自然和改造自然的信心和勇气。可以说，正是机械自然观的形成和影响，使得自然科学和近代工业在17—19世纪获得了较快发展。正如恩格斯所指出的：“把自然界分解为各个部分，把各种自然过程和自然对象分成一定的门类，对有机体的内部按其多种多样的解剖形态进行研究，这是最近400年来在认识自然界方面获得巨大进展的基本条件。”
但是我们必须看到，近代机械自然观是有重大缺陷的。
首先，它具有简单化倾向。机械自然观用纯粹力学的观点来考察和解释自然界的一切现象，认为自然界是一部机器，把自然界的各种运动形式都归结为机械运动形式。从认识角度看，这种观点否认了有机界与无机界、人类社会与自然界之间性质上的差别；抹杀了物质运动形式的多样性和各种运动形式之间性质上的差别，从而使人对自然的认识陷于简单化。恩格斯指出：“18世纪上半叶的自然科学在知识上，甚至在材料的整理上大大超过了希腊古代，但是在观念地掌握这些材料上，在一般的自然观上却大大低于希腊古代。”马克思恩格斯选集从实践角度看，机械自然观把自然界的各种运动形式都归结为机械运动形式，虽然能有效提升人们改造自然的勇气，但也容易使人们陷入盲目自信与乐观。
其次，它有单线进化倾向。机械自然观认为任何事物的运动变化都是确定的，任何事物的变化可能和趋势都是唯一的，世界未来的变化，都可以被科学精准地加以预测。这种观点只看到事物发展变化中的统一性、确定性，忽视甚至否定了事物发展变化中的多样性和不确定性，显然是片面的。在社会发展趋势的认识方面，由于任何历史活动都是人们按照自身需要、目的和价值追求进行的自觉能动的活动，因此，我们必须承认，社会发展既有必然性也有偶然性，既有统一性也有多样性，而这种必然性和统一性只能通过偶然性表现出来。显然，机械自然观的单一进化倾向不仅否定了社会发展的多样性和不确定性，也否定了人在历史活动中的自觉能动作用。
最后，它有形而上学局限。近代自然科学对自然界的事物进行分门别类的研究，对事物加以解剖和分析，研究各个局部和细节。“这种做法也给我们留下了一种习惯：把自然界的事物和过程孤立起来，撇开广泛的总的联系去进行考察，因此就不是把它们看做运动的东西，而是看做静止的东西；不是看做本质上变化着的东西，而是看做永恒不变的东西；不是看做活的东西，而是看做死的东西。这种考察事物的方法被培根和洛克从自然科学中移到哲学中以后，就造成了最近几个世纪所特有的局限性，即形而上学的思维方式。”马克思恩格斯选集。
